针对海洋生态系统关键生物生产过程、海洋生态系统关键生物地球化学过程、海洋环境演变及其对海洋生态系统的影响、海岸生态环境演变及过程机理等方面开展科学研究及提供社会服务。

主要研究方向为：近海富营养化形成过程、机制与对策，有害赤潮海洋学与生态学机理、预测与防治，海水养殖系统生态调控原理与环境控制，海洋污染对近海环境质量的影响及其生态效应。