我中心在秦皇岛海域优势水母物种线粒体基因组构建及遗传进化分析方面取得新进展

作者: 时间:2024-01-02 点击数:

我中心科研人员与中国科学院南海海洋研究所合作,在渤海秦皇岛海域优势水母物种线粒体基因组构建及遗传进化分析方面取得新进展,研究成果《The complete mitochondrial genome and phylogenetic analysis of hydrozoan jellyfish Eirene ceylonensis (Cnidaria, Hydrozoa, Eirenidae) in the coastal sea of Qinhuangdao, China》于近日发表在Mitochondrial DNA Part B: Resources

水母(Jellyfish)作为一类胶质浮游动物,生物多样性较高,具有复杂的异形生活史,部分小型水母的伞径甚至小于10mm,难以通过形态进行准确鉴定。水螅水母是一种形态较小、生命周期多样的水母类群,由于其组织结构简单、透明、易于操作等特点,是研究生殖细胞发育的理想模型。锡兰和平水母Eirene ceylonensis是渤海海域的常见水螅水母物种,广泛分布于秦皇岛沿岸、渤海西南海域、及黄河口近岸等海域。线粒体基因组(mitochondrial genome)中含有许多重要基因,具有结构紧凑、高拷贝数和母系遗传等特点,可用于水母物种的生物地理学、群体遗传学和系统发育学等领域的研究。

我中心针对水母灾害频发的秦皇岛海域进行了水母物种多样性的调查研究,于2021-2023年进行了系统性的样本采集和鉴定。在20228月采集到5个锡兰和平水母E. ceylonensis个体,通过镜检初步鉴定后,选取株系CMY22Q801进行二代高通量测序,通过Genome Survey测序和组装,首次构建出锡兰和平水母E. ceylonensis的线粒体基因组。该线粒体基因组长度为14,997 bp,线性结构,编码13protein-coding基因(PCGs),2tRNA基因(tRNA-MettRNA-Trp)和2rRNA基因(rrnS rrnL),具有明显的AT含量偏好性(72.8%)。基于13PCGs构建的ML系统发育树显示,E. ceylonensisLaomedea flexuosa的亲缘关系最近,该物种线粒体基因组的构建将为研究水螅类水母的进化关系提供依据。

论文第一作者为我中心陈阳博士,通讯作者为刘志亮研究员,论文DOIhttps://doi.org/ 10.1080/23802359.2023.2290845

1 锡兰和平水母Eirene ceylonensis形态特征

2锡兰和平水母Eirene ceylonensis线粒体基因组结构


3 基于13PCGs构建的25个水母物种的ML系统发育树


地址:河北秦皇岛河北大街西段360号  邮政编码:066004   备案号:冀ICP备05024134号-1   冀公网安备13030202000479号